Por cada ato de concessão, alteração e suspensão de licenças de transporte aéreo é devido o pagamento de taxas de acordo com o disposto na Portaria nº 606/91, de 4 de julho.
Anualmente, e durante a vigência da licença, é devido o pagamento de uma taxa anual de licenciamento, composta por um quantitativo fixo, acrescido do valor calculado em função do peso total das aeronaves (em toneladas) que, no final do ano civil imediatamente anterior, compunham a frota da empresa, não sendo esta taxa devida quando, no ano civil anterior, a licença tenha estado suspensa por período igual ou superior a nove meses.

Tabela de Taxas – Portaria nº 606/91

1- Concessão da licença Acrescida, por cada tonelada ou fração, de	€ 847,96 € 12,47
2- Alteração ou Suspensão da licença	€ 349,16
3- Alteração que implique o aumento do peso global da frota: Taxa fixa: Acrescida, por cada tonelada ou fração adicional, de	€ 349,16 € 12,47
4- Taxa anual   Acrescida, por cada tonelada ou fração, de	€ 37,41 € 3,74

Informa-se, ainda, que a empresa deverá proceder ao pagamento das taxas no ato do respetivo pedido, de acordo com o disposto no nº 1 do artº 5º do Regulamento de Taxas da Autoridade Nacional da Aviação Civil, aprovado pelo Decreto-Lei nº 159/2004, de 30 de junho.